فلسفه شکل‌گیری موسسه مطالعات دین و اقتصاد اعتلای اندیشه‌ای جامعه و ارتقاء کیفیت دانایی‌ها بر محور عدالت اجتماعی، آزادی، استقلال ملی و توسعه عادلانه بوده‌است.
در راستای تحقق آن هدف والا، انتشارات نهادگرا از آذرماه سال 1387 و به مناسبت دهمین سال فعالیت موسسه تأسیس گردید و در جهت عینیت بخشی به آن آرمان‌ها همچنان بر خصلت " غیر انتفاعی" بودن تلاش‌های جمعی ما البته به معنای دقیق آن کلمه پافشاری و تأکید دارد.
دیده‌بانی از منافع عمومی از منظر کیفیت اندیشه‌ای سیاست‌های اتخاذ شده، پرکردن خلأهای معرفتی نظام تصمیم‌گیری و تخصیص منابع ملی و تلاش برای سامان‌دهی و یکپارچه‌سازی دانش‌های اعتلا بخش اما پراکنده در سطح کشور در زمره مهمترین رسالت‌های این تلاش انتشاراتی است.